Одна из версий, которой я придерживался длительное время, была связь со словом "пегий".
Пегий окрас у животного, это когда большие белые пятна разбросаны по телу животного.
Животных пегого окраса правила русского языка позволяют называть существительным "пегарь". Я предполагаю, что от этого слова произошло название пигаря, или нырка хохлатого (у селезня на боках большие белые пятна). Согласитесь, произносить слово "пегарь" в соответствии с правилами следует как "пигарь", так и появилось название птицы.
Я встречал в литературе, как пегарями называли лосей и других животных.
Также возможно, что у человека на коже были какие-то белые пятна, отчего его могли называть Пегарь, а его потомка - Пигарёв сын или Пигарёва дочь (одна из схем появления русских фамилий).